Inti cerita anime ini masih sama, yaitu pencaharian Gon terhadap ayahnya akan menjadi semakin menarik saja. Gon yang ditemani oleh sahabat karibnya, yaitu Killua Zoldick berpetualang bersama dan menempuh setiap bahaya yang ada bersama Gon.
Banyak fans anime ini berharap, di tahun 2016 ini, alur ceritanya berlanjut. Setelah sebelumnya Gon telah bertemu dengan ayahnya. Dalam episode akhir tersebut diceritakan Ayahnya Gon, pamit kepada Gon untuk menjelajah dunia Hunter yang masih sangat luas dan penuh dengan monster berukuran raksasa.